Bethlehem beschreibt die komplexe Beziehung zwischen dem israelischen Geheimdienstoffizier Razi und seinem jungen palästinensischen Informanten Sanfur.
Sanfur ist der jüngere Bruder des gesuchten palästinensischen Untergrundkämpfers Ibrahim. Um Ibrahim aufzuspüren und zu töten, hat Razi den Jungen rekrutiert, als dieser erst 15 war, und mit der Zeit eine fast väterliche Zuneigung zu ihm entwickelt.
Sanfur, der zeitlebens im Schatten seines großen Bruders stand, genießt Razis Aufmerksamkeit. Der mittlerweile 17-Jährige versucht verzweifelt, die Forderungen des Agenten zu erfüllen und gleichzeitig seinem Bruder gegenüber loyal zu bleiben. Er führt ein Doppelleben und belügt letztendlich beide.
Als der israelische Geheimdienst entdeckt, wie tief Sanfur in die Aktivitäten seines Bruders verstrickt ist und dass Razi ganz offensichtlich die Grenzen der Professionalität überschritten hat, erteilt er diesem den Befehl, Sanfur bei einem geplanten Mordanschlag auf Ibrahim zu opfern. Während der Vorbereitungen für den Militäreinsatz zur Eliminierung des Bruders müssen Razi und Sanfur beide eine Wahl treffen, die ihr Leben für immer verändern wird.
Der israelische Regisseur Yuval Adler hat das Drehbuch zu diesem Politthriller zusammen mit dem arabischen Journalisten Ali Waked geschrieben, der mehrere Jahre im Westjordanland gelebt hat. Der Film, der auf umfangreichen Recherchen basiert, schildert perspektivübergreifend die ausweglosen Situationen und moralischen Konflikte, in die die undurchschaubare Welt der Geheimdienste ihre Protagonisten stürzt.